疫苗的有效率并非100%，有些疾病的毒株有很多亚型，疫苗只能预防其对应的部分，但是疫苗多覆盖的是高危型，可以有效避免重症的发生。
另外，打了疫苗却患病主要发生在多病原引起的相关疾病上。引起这些疾病的病毒或细菌有很多分型，但是疫苗往往只针对其中一部分。
如手足口病疫苗是针对EV71病毒，不能预防其他肠道病毒引起的手足口病。如孩子患上的小儿肺炎，其病原有细菌、真菌、病毒等多种，但并没有疫苗可以将它们全部拦截，13价肺炎疫苗防的是肺炎球菌感染，HIB疫苗则是防B型流感嗜血杆菌感染。
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