商铺适用4%的契税税率。120万元的商铺并不是按120万元的合同价4%应交纳契税48000元，而是在计算契税时，按照不含增值税的金额计算。比如这个120万元的商铺是2016年5月1日以后开工建设、2019年4月1日以后购买的，那么这个120万元商铺含增值税：1200000/（1+10%）=1090909.09元应交纳契税：1090909.09x4%=43636.36元。
