A、同源染色体之间以及X与Y之间的形态是各不相同的，3与4之间可能会因为同源染色体之间的非姐妹单体之间的交叉互换而发生基因重组，A正确； B、控制果蝇红眼或白眼的基因位于X染色体上，而2号是Y染色体，B错误；C、减数分裂时染色体5、6之间的交叉互换属于基因重组，C错误；D、图中1和2、3和4、5和6、7和8属于同源染色体，所以染色体1、4、5、8组成果蝇的一个染色体组，D错误．故选：A．
