我刚好是做这个的，在一家专门做化学品登记注册的公司。来回答一下你的提问。
简单地说，两者的区别：
1）针对的物质不一样：
新化学物质申报，针对的是未列入IECSC名录的物质； 危险化学品登记，针对的是列入《危险化学品目录》中的物质。
2）登记的内容也不一样
新化学物质申报，企业需申报物质的理化、毒理、生态毒理学资料； 危险化学品登记，则是登记产品的危害信息、危险源等方面。
3）登记所产生的费用、周期差别很大。新化申报，费用高，周期长。
4）监管的政府部门也不一样
新化申报，是环保部在监管；危化登记，是安监在管
这两者有很大区别：
新化学物质申报，针对的是未列入中国现有化学物质名录（IECSC名录)的物质； 危险化学品登记，针对的是列入《危险化学品目录》中的物质。
新化学物质需要根据年生产或者进口的吨位不同来决定申报级别，价格相差很大；大部分需要专业机构来协助办理
危险化学品登记相对来说就比较简单了，价格也比较便宜
这个网站有详细的介绍新化学物质和危险化学品
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