由于历史条件的局限，《神农本草经》也存在某些缺点和错误，这反映在该书道家色彩比较浓厚。道家主张炼丹服石，他们把各种矿物用各种方法烧炼，炼成所谓丹药，认为服用丹药可治一切疾病，可以延年益寿，可以长生不老。秦汉以来，这种炼丹服石的风气越来越盛。《神农本草经》明显受到这种思想影响，迷信服石神仙，故其药物分类与药物功效的叙述，有的被蒙上了一层神仙色彩，如久服轻身延年、不老神仙之类。尤其是一些有毒或剧毒的药石，反被视为无毒补益、轻身延年的上品，如说“雄黄……炼食之，轻身神仙”、“水银……久服，神仙不死”之类，不但荒诞不经，给后世药物学的发展带来消极影响，而且还直接给人们带来危害。不过，另一方面，炼丹术和制药化学有密切关系。
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