（1）甲公司的邮件是要约，因为其内容具体确定，乙公司的回复是新要约，因为其对要约作了实质性变更。（合同法第十四条、第三十条）
（2）甲乙两公司存在合同关系，合同于10月8日时成立，因为此时虽乙公司董事长尚未签字，但甲公司已经履行了主要义务，乙公司也接受，合同成立。（合同法第三十七条）
（3）若货物交付地点未约定，双方可以协议补充，如达不成补充协议，则甲公司将货物交给丙运输公司即视为完成交付（合同法第一百四十一条）
（4）合同于10月9日在C地成立，因为以合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立，双方当事人签字或者盖章不在同一地点的，人民法院应当认定最后签字或者盖章的地点为合同签订地。（合同法第三十二条，合同法司法解释二第四条）
（5）货物的损失由乙公司承担，因为甲公司将货物交给第一承运人丙公司后，标的损毁、灭失的风险应由买受人乙公司承担。（合同法第一百四十五条）
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