大约在3.5亿年以前,有些长肺的总鳍鱼上了陆地。爬上岸来的总鳍鱼,逐渐进化成为陆地上的生物,成为原始的两栖类动物。当然,并不是所有水中的脊椎动物都能登陆,总鳍鱼具备了这种登陆条件,它们有肺,还长有和腿差不多的肉质鳍。
中生代初期的恐龙,虽然也有爬行的种类,但是仍以直立用两脚步行者居多。
第一批由总鳍鱼进化而来的原始两栖动物,生活并不容易。它们要承受比水中浮力大好几倍的地球引力。同时这些陆地上的新客并不能完全脱离水面生存。生殖时,要到水中去产卵。它们的幼体往往在水中生活,吃水中的小虫和小鱼。
又经过了几千万年之后,有些古代的两栖动物也灭绝了,只在地球的温带地方,留下了它们的后裔,主要是青蛙、癞蛤蟆和蝾螈之类。这时,遗传的突变和自然的选择再一次创造了进化的奇迹,有些两栖动物生下的卵,外面包有一层皮质硬壳,这就比鱼类和其他大多数的两栖动物的卵保护的更完善了,并且它们还可离开水进行生殖,进化了的卵则是在体内受精的,不受干旱和来自陆地各种危险的影响。从这种两栖动物进化而来的动物就成为爬行动物。它们逐渐繁盛起来,并开始统治地球。
恐龙
爬行动物可分为4大类,其中有一类叫下孔类(即似哺乳爬行动物,或兽形爬行动物),它们在爬行动物才开始建立起来不久,早在晚石炭世时就分化出来了,成为独特的—支,朝着哺乳动物方向发展。因此,有人认为爬行动物在根本上就是2个支系:①兽孔类,即上述的似哺乳爬行动物一支,它们是从两栖动物壳椎类的小鲵类起源的(经过原始爬行动物大鼻龙形类);②包括除上述兽孔类外的其他一切爬行动物,叫蜥孔类,它们是从两栖动物的迷齿类起源的。这是一种双源论。
另一双源论认为龟鳖类的构造特殊,和其他许多爬行动物都不相同,应与其亲属成为单独的一支,叫副爬行动物;而其他爬行动物为另一支,合称真爬行动物。这两支分别起源于两栖动物的蜥螈形类的不同祖先。
但是,还是单源论比较易于被人接受。可能爬行动物在它们起源后不久,很快便分化辐射,成为几类不同的支系,以致人们误认为它们是双源或多源的。
那么,谁是爬行动物的单源祖先呢?有人认为两栖迷齿类的石炭螈类很可能与爬行动物的祖先有关,特别是石炭螈类中的蜥螈形类,更是探索爬行动物起源的焦点。虽然,蜥螈形类中的具体属蜥螈本身不可能是爬行动物的祖先,但该类中的其他一些原始属类未尝不可能是爬行动物的真正近祖。进而,蜥螈形类这一词是被用来包括形态上(并不是系统上)和蜥螈近似的许多类别,它既包括二叠纪的蜥螈,也包括石炭纪的一些原始类型。蜥螈可能只是爬行动物在两栖类中祖先类型的孑遗,而蜥螈形类中石炭纪的某些原始属类,应该是爬行动物祖先的近亲。
显然,爬行动物的两栖类祖先应该是身体结构比较轻巧、不特化的小动物,生活在晚石炭世早期或更早一些时候。